Habibullah Khán (Szamarkand, 1872. június 3. – 1919. február 20.) Afganisztán emírje 1901 és 1919 között.
Abdul Rahman Khán legidősebb fiaként született. Apját 1901-ben követte az emíri trónon az elsőszülöttségi jog alapján. Habibullah szekuláris reformokat vezetett be országában. Nyugati gyógyászati és technikai újítások meghonosítását is támogatta, amelyeket a hagyományokat őrző törzsi arisztokrácia ellenzett.

1904-ben megalapította a Habibia Katonai Akadémiát Kabulban. Igyekezett a korábbi kegyetlen büntetéseket és kínvallatásokat mérsékelni és emberségessé tenni.

Az első világháború alatt végig kitartott országa semlegessége mellett, bár az Oszmán Birodalom és a németek is a Központi Hatalmak oldalán való hadba lépésre ösztönözték. Az első világháború lezárása után szerette volna, ha országa is a győztes hatalmak között foglal helyet a párizsi békekonferenciákon, de ezt tőle és országától az angolok megtagadták. A visszautasítás után nem sokkal egy vadászkirándulás alatt ismeretlen tettesek, éjszaka a sátrában megölték.

Halála után öccse Naszrullah Khán nyilvánította magát emírré, azonban őt, Habibullah Khán tetterős fia Amanullah Khán, az udvar, a hadsereg és édesanyja segítségével egyheti „uralkodás” után elfogta, és bebörtönözte.

Habibullah Khan afgán király volt 1901 és 1919 között. Uralkodása alatt az afgán pénzverés terén jelentős változások történtek. 

A pénzverési program részeként Habibullah Khan érmeket veretett, melyeken az ő neve és uralkodási ideje szerepel. Az érméken általában a hagyományos afgán kulturális elemek is megjelentek. Az ő uralkodása alatt  vezették be az első afgán bankjegyeket is, amelyek hagyományos afgán motívumokat és az ő képét  tartalmazzák.

Habibullah Khan pénzveréseinek bevezetése az afgán pénzügyi rendszer modernizációjához és az ország pénzügyi függetlenségének megerősítéséhez vezetett.